1996年以《实话实说》主持人崭露头角,受到欢迎。2003年7月开始主持《小崔说事》。2004年既主持又主演《电影传奇》,在节目中既讲故事又演故事,同时监制推出了老电影歌曲联唱专辑《宁死不屈》。 2010年任纪录片《我的抗战》总策划。2011年9月,“崔永元·新锐导演计划”在北京启动。
2012年4月14日,主持了第一期《谢天谢地,你来啦》。9月28日和周立波共同主持《小崔说立波秀》。2013年9月22日,崔永元告别央视演出,露惜别意, 离职手续办完后,成立个人工作室。离职央视后加盟河南卫视并作为《成语英雄》的节目嘉宾。
2013年12月16日,正式从央视离职,入职中国传媒大学任教。
2015年3月25日,由崔永元团队和东方卫视中心联合创制的中国首档社交类谈话节目《东方眼》停播。